iCloud で（も）というのは、MobileMeの頃にも散々振り回されながらも、便利なので外部のブックマークサービスに移行できなかったからです。
ブックマークの同期、壊れる
気が狂ったとしか思えない状況になった。どうもブックマークの並びがおかしいので、以下を試した。
どんな風におかしくなったかというと、まず Mac側のブックマークはフォルダーの第2階層がすべて外に出てしまい、上記の方法でなんとか iCloud 上の情報をクリアしようとしても、何故かますますブックマークがだぶって増えてしまい（手順は間違えていないと思うのに）困った〜という状況に。
アップルの日本語のフォーラムでも、iCloud での同期はあきらめたという人もいたり、待ちとらずの日記・・・ : Xmarks, iCloud間でのSafariブックマークの同期問題の記事を発見して、iCloud のバグっぽいと確信。
その後も、MobileMeから移行する直前に作っておいたアカウントに移行を試すも、カレンダーやアドレスブックまで巻き込まれ、どうにも面倒なのであきらめ。
それでも、MobileMeから使っていたブクマ同期の便利さをあきらめきれず、英語のフォーラムも検索。しかしどうも…
Wasted Time !! らしい
「iCloud からブックマークをクリアしたいんですけど」「ハンマーで叩きなさい」「はい、わかりました」的なものが多数見つかり、さらには「15時間無駄にしました」というのを見るに至り、最終的にあきらめることにしました。
iTunes で手動で同期することに
あきらめ方ですが、iTunes で手動で同期することに。iPhoneをUSB接続した状態で、デバイスを選び、上の「情報」タブを選び、下記画面でブックマークの同期をチェックします。すべてをOTAにする方法もありだと思いますが、私は大概のアプリをiPhoneでまず試して、実際に同期を取る前に取捨選択させていただいています。なので、勝手に同期が走るというのは困るのです（「アプリだけOTAをしないで手動」ということができるのかはまだ調べていません）。
iCloud がどちらかでもオンになっていると、このチェックはグレーアウトして選べないはずです。
あるときまでは調子がよかったんですが、ブックマークの数が増え過ぎたのか、複雑にフォルダわけし過ぎたのか、ブックマークレット問題（あるブックマークレットがあると、際限なく増殖するという情報も見た）なのか、分かりませんが、突然おかしなことになってしまったのでした。ちなみに、バックアップしたブックマークは345KB、最終的に消去した「Bookmarks.plist」は1.4MBにもなっていました。どの時点から、というのをはっきり覚えていれば切り分けもできたのですが、毎日のように大量に追加切り貼りしているので、もう今となっては全然分かりません。
この不具合？をアップルは修正してくれるのか、くれないのか？ 課金されない機能の部分の問題なので、ダメなんだろうなぁとあきらめムードです。この辺の不具合を質問する（洗い出す）には、LIONを購入してから3ヶ月の保証期間内にやっておけばよかった、というか3ヶ月以内に出現していれば、質問や文句を言うこともできたのに…。
ほかにもいくつか不具合あるんですが、それは切羽詰まっていないので、まだフォーラムにご相談していません。
